Pain menyerang Konoha, tetapi Naruto mengalahkannya. Sementara Sasuke bergabung dengan Akatsuki dan menyerang Hachibi.
Mengetahui kebenaran tentang kakaknya, Sasuke membunuh Danzo, dan mengacaukan pertemuan para Kage.
Gagal dalam penyerangan, Sasuke di selamatkan oleh Tobi, yang membawa pesan peperangan kepada seluruh negara.
Perang di mulai, Tobi beraliansi dengan Kabuto, yang menggunakan jurus Edo Tensei. Sementara Naruto berhasil menguasai chakra Kyubi.
Edo Tensei tak berpengaruh pada Itachi yang memiliki Sharingan, ia pun mengalahkan Kabuto dan membatalkan jutsu.
Naruto berhadapan dengan Tobi dan memecahkan topengnya. Rupanya itu adalah Obito, teman masa kecil guru Kakashi.
Obito dendam karena kekasihnya, Rin telah dibunuh. Beraliansi dengan Madara, hasil Edo Tensei yang gagal dibatalkan oleh Itachi.
Baca Juga: 6 Tanda Hubungan Sepihak, Nomor 3 Bikin Nyesek! Segera Komunikasikan Jika Kamu Merasakan Ini
Sasuke kembali dan berpihak pada aliansi shinobi. Bersama dengan tim 7 melawan Madara. Tetapi Naruto dan Sasuke kalah dan hampir mati.