Sempat terjadi perbedaan pendapat antara Ir. Soekarno dan Bung Hatta, di mana Ir. Soekarno saat itu ingin lokasi Masjid Istiqlal berada di bekas benteng Belanda, Frederick Hendrik.
Sementara itu, Bung Hatta mengusulkan pembangunan Masjid Istiiqlal dilakukan di tengah-tengah umatnya, yaitu di Jalan Thamrin.
Hingga akhirnya diputuskan bahwa pembangunan masjid dilakukan di lahan bekas benteng Belanda, di mana telah berdiri Gereja Katedral.
Tujuannya adalah untuk menunjukkan kerukunan antar umat beragama di Indonesia.
Pada 24 Agustus 1961, tepatnya pada peringatan Maulid Nabi Muhammad SAW, Presiden Soekarno melakukan pemancangan tiang pertama dan disaksikan oleh ribuan umat Islam.
Proses pembangunan terpaksa terhenti selama 4 tahun, karena situasi politik yang tidak stabil akibat terjadinya kejadian G30S/PKI.
Pembangunan Masjid Istiqlal benar-benar terhenti, hingga setahun kemudian, Menteri Agama, K.H Muhammad Dahlan mengusulkan untuk melanjutkannya kembali.
Kepengurusan pembangunan masjid yang dirancang oleh arsitek Frederich Silaban ini dipegang oleh K.H. Idham Chalid, selaku Koordinator Panitia Nasional Pembangunan Masjid Istiqlal.
Hingga akhirnya, setelah menunggu selama 17 tahun, Masjid Istiqlal selesai dibangun pada 24 Agustus 1961 dan diresmikan pada 22 Februari 1978 oleh Presiden Soekarno.