Lalu, gereja dibakar lagi di Pemberontakan Nika bulan Januari 532, suatu keadaan yang memberi Justinianus I kesempatan untuk membayangkan pengganti yang bagus.
Hagia Sophia yang dihasilkan dibangun dalam waktu yang sangat singkat sekitar enam tahun, selesai pada tahun 537 Masehi.
Sang arsitek, Anthemius dari Tralles dan Isidorus dari Miletus, berhasil membangun kembali Hagia Sophia dalam periode waktu yang tidak biasa.
Struktur yang sekarang berdiri pada dasarnya adalah bangunan abad ke-6, meskipun gempa bumi menyebabkan runtuhnya sebagian kubah pada tahun 558 (dipulihkan pada tahun 562).
Ada pula dua keruntuhan parsial lebih lanjut, setelah itu dibangun kembali dengan skala yang lebih kecil dan seluruh gereja diperkuat. dari luar.
Hagia Sophia dipulihkan lagi pada pertengahan abad ke-14. Selama lebih dari satu milenium, bangunan itu adalah Katedral Patriarkat Ekumenis Konstantinopel.
Gereja tersebut dijarah pada 1204 oleh Venesia dan Tentara Salib pada Perang Salib Keempat.
Baca Juga: Sejarah Hagia Sophia Disesatkan, Umat Katolik India Protes
Setelah penaklukan Konstantinopel oleh Turki pada tahun 1453, Mehmed II mengubahnya menjadi masjid, dengan penambahan menara kayu di bagian luar, lampu gantung besar, mihrab (ceruk yang menunjukkan arah Mekkah), dan mimbar.
Entah ia atau putranya, Bayezid II, yang mendirikan menara merah di sudut tenggara bangunan. Menara kayu asli tidak bertahan.