Setahun setelah guild Fairy Tail telah mengalahkan Acnologia dan Zeref, Natsu dan timnya melakukan perjalanan ke benua utara Guiltina, di mana mereka mencari pembuat dari misi 100 tahun dan menerima misi tersebut yang hampir mustahil: untuk menyegel Lima Dewa Naga—sekelompok ‘naga’ dengan kekuatan besar yang jika dibiarkan, dapat menyebabkan kehancuran di dunia.
Bertekad untuk menyelesaikan misi yang tampaknya tidak mudah diatasi, Natsu dan teman-temannya memulai pencarian Dewa Naga yang berbahaya.
Namun, begitu bertemu dengan guild gelap baru bernama Diabolos, Natsu dan timnya akan menyadari bahwa Quest 100 Tahun bukanlah satu-satunya tantangan yang mereka hadapi.***