Bangunan ini awalnya diperuntukan sebagai tempat peribadatan agama Kristen, hingga penaklukan kekaisaran Ottoman atas Konstantinopel pada tahun 1453.
Gereja pun kemudian diubah menjadi masjid, hingga republik Turki moderen yang sekuler memutuskan untuk mengubahnya menjadi museum.
Karena keunikan dan sejarah panjang dari bangunan ini, UNESCO pun kemudian memutuskan untuk memasukannya sebagai warisan dunia pada tahun 1985.
Juni 2020, pihak berwenang Turki kemudian memutuskan untuk mengembalikan status Hagia Sophia menjadi Masjid, yang mana menimbulkan gelombang protes di dunia.***